ハニカム構造、英語ではHoneycomb structureと表現するようで、文字通り蜂の巣構造を指す言葉になります。
六角形の穴（空間）とそれぞれの空間を区画する隔壁から成っているのですが、これを3D-CADでモデリングしようと思えば結構難しくどうすればいいか悩まれると思います。
ところでこのハニカム構造、物体として存在するのは隔壁部分なのですが、空間と隔壁とどっちが重要なんでしょうね？
色々な考えがあるとは思います。
ちょっと蜂の巣の事例で考えてみると、
蜂の幼虫を保護し育てる空間を確保する
その空間が最大になるような隔壁構造にする
と、このような順番なんじゃないかと思うのです。
つまり空間が先で隔壁がその次に決まると。空間の大きさは顧客要求（蜂の幼虫の大きさ）によって決まり、使える素材（蜜蝋）の強度制約から隔壁の厚さが決まる。
3Dモデリングを行う際も求められる機能と順番に即してフィーチャーを作り込めば比較的スッキリとしたモデルを作ることができます。複雑なスケッチを作らないシンプルなフィーチャー構造のモデルは管理と修正がしやすくロバストなものになります。
薄板状ソリッドボディをシートメタルに変換
シートメタルの展開機能を使って円筒を平板にする
平板上に六角形ボディを配置（空間の確保）
六角形ボディの周囲を内側にオフセット（隔壁の厚みを確保）
結合で穴あけ
シートメタルの曲げ戻し
円筒ボディと結合／切り取りで穴のボディを作る
穴ボディを円形状パターンコピー
円筒ボディから穴ボディを結合／切り取り
このような手順でモデリングしています。動画をご参考に。
3D-CAD：Autodesk Fusion360